Quasi unico nel suo genere, il museo è dedicato alla celebre relitto romano e al suo carico, recuperato nelle acque dell'arcipelago. La nave, che naufragò presso l'isola di Spargi verso il 120 a.C., trasportava un carico di molte centinaia di anfore vinarie e vasi da mensa di produzione campana. I reperti della dotazione di bordo e dell'equipaggio forniscono interessanti dati sull'organizzazione del commercio navale romano, mentre il relitto costituisce un caposaldo cronologico per la produzione ed esportazione di molte classi di oggetti. Elemento centrale dell'allestimento è la ricostruzione in scala naturale dello spaccato dello scafo della nave di Spargi, con 202 anfore, che esemplifica il sistema di stivaggio. Notevoli anche i ceppi d'ancora in piombo e gli altri materiali, provenienti dalle acque dell'arcipelago. La visita consente di verificare come, tra il IV sec. a.C. ed il III sec. d.C., le Bocche di Bonifacio fossero un punto di transito privilegiato delle rotte congiungenti l'Italia con l'occidente mediterraneo ed il Nord Africa.